의료자문은 보험회사가 심사 과정에서 청구인의 진료기록을 자문의에게 보내 진단의 타당성, 상해와 질병의 구분, 장해 정도, 치료의 필요성 등에 대한 의견을 받는 것이다. 청구인의 진료기록이 넘어가므로 열람 동의가 전제된다. 자문의는 청구인을 직접 진찰하지 않고 기록으로 판단하는 것이 보통이다.
자문 결과가 주치의 진단과 다를 때 어느 쪽이 우선하는가는 약관 문언으로 본다. 금감원 분쟁조정에서는 병리검사 결과를 토대로 한 주치의 진단을 보험회사 의료자문이 대체하지 못한다고 본 예, 주치의와 금감원 자문이 일치하면 보험회사의 2차 자문으로 뒤집히지 않는다고 본 예가 있다. 반대로 진료기록에 객관적 검사와 치료효과 평가가 없어 자문의 의견이 채택된 예도 있다.
자문 결과에 동의하지 않으면 약관의 제3자 판정 절차(종합병원 전문의를 함께 정해 판정, 비용은 회사 부담)를 요구할 수 있다. 자문 동의서에 서명할 때는 동의 범위와 자문 결과의 열람 · 교부 여부를 확인한다.