대법원 전원합의체는 학교안전공제가 상호부조 · 사회보장 차원에서 피해를 직접 전보하는 특별법상 제도여서 법률에 규정이 없으면 과실상계나 기왕증 참작 법리가 적용되지 않고, 기왕증 감액 · 과실상계를 정한 시행령 조항은 위임 없이 권리를 제한해 무효라고 봤다(2016다208389).
가해 학생 쪽 책임보험과 겹치면 최종 부담자가 정해진다. 대법원은 경과실 학교안전사고에서 가해자의 책임보험자가 먼저 배상했더라도 학교안전공제회에 구상할 수 없고, 공제회가 먼저 지급했다면 책임보험자에게 피해자의 직접청구권을 대위할 수 있다고 봤다(2018다287010). 그 대위 권리의 시효는 직접청구권 자체를 기준으로 본다(2024다203655).
반면 학교배상책임공제는 상법 제664조의 공제로 보험편이 준용돼, 책임보험자와는 중복보험 관계에서 자기 부담부분을 넘어 지급했을 때만 구상할 수 있다고 봤다(2020다301186). 대학의 교육기관배상책임보험에서는 대학원생을 교직원으로 보아 근로자 면책을 적용한 금감원 결정도 있다(제2011-47호).