법 제2조는 의료사고를 보건의료인이 환자에게 한 진단 · 검사 · 치료 · 의약품 처방과 조제 등(의료행위등)으로 사람의 생명 · 신체 · 재산에 피해가 생긴 경우로, 의료분쟁을 의료사고로 인한 다툼으로 정의한다. 조정중재원(제6조) 안에 조정을 맡는 의료분쟁조정위원회(제19조)와 감정을 맡는 의료사고감정단(제25조)이 있다. 분쟁 당사자나 대리인이 조정을 신청하며(제27조 제1항), 환자 쪽이든 보건의료기관 쪽이든 분쟁의 당사자면 신청할 수 있고, 대리인이 될 수 있는 사람은 같은 조 제2항이 정한다.
신청이 접수되면 조정부와 감정부가 배당된다. 피신청인이 조정에 응하겠다고 통지해야 절차가 시작되지만(제27조 제8항), 사망 · 일정 기간 이상의 의식불명 · 중증 장애 등은 곧바로 개시된다(제9항). 감정부는 사실조사 내용, 과실과 인과관계 유무, 후유장애 정도 등을 감정서로 적고(제29조), 조정부는 감정의견을 고려해 조정결정을 하며(제33조) 손해 · 과실 정도 · 환자의 귀책사유를 고려해 배상액을 정한다(제35조). 결정에 양쪽이 동의하거나 동의한 것으로 보면 조정이 성립한다(제36조).
실무에서 볼 것은 소송 · 보험과의 관계다. 소송은 조정 없이도 낼 수 있고(제40조) 이미 소가 제기된 사건의 조정 신청은 각하된다(제27조 제3항). 조정 신청은 시효를 중단시킨다(제42조). 조정이 성립하거나 판결이 확정됐는데도 돈을 받지 못하면 조정중재원에 대불을 청구할 수 있다(제47조). 조정이 성립하면 업무상과실치상죄의 반의사불벌 특례도 붙는다(제51조). 금감원은 병원 측과 피보험자 측의 합의 등으로 객관적으로 입증된 의료과실로 사망 · 후유장해가 생기면 상해사고에 해당할 수 있다고 안내했다(2025-11-06 보도자료). 조정서에 무엇이 확인됐는지가 그 재료가 된다.