자기부담금은 보상 대상 의료비 중 약관이 가입자 몫으로 정한 부분이다. 비율형(의료비의 일정 비율)과 정액형(통원 1회당 일정 금액)이 있고, 통원은 둘 중 큰 금액을 공제하는 방식이 흔하다. 2026년 개정 표준약관의 신규상품은 급여 통원 공제에 건강보험 본인부담률을 곱한 값을 비교 항목에 추가했다.
방향만 보면 1세대는 자기부담률이 손해보험 0% · 생명보험 20%로 가장 낮고(금감원 2026-06-03 자료), 표준화 이후 2세대부터 비율이 생겼으며, 3세대 특약 · 4세대 비급여 · 신규상품 비중증 비급여로 갈수록 비율이 커진다. 금융위 자료 기준 4세대는 급여 20% · 비급여 30%, 신규상품 비중증 비급여 특약은 50%다. 다른 세대의 세부 수치는 각 약관에서 확인한다.
자기부담금 계산은 어느 항목이 급여인지, 통원인지 입원인지, 어느 특약에 속하는지가 먼저 정해져야 가능하다. 세부내역서와 증권의 특약 구성이 계산 재료다. 자기부담금과 별개로 연간 한도 · 횟수 한도가 있는 항목도 있다.